这个主要还是从税负合理性的角度出发的。
首先，企业会被赋予法人地位，企业所得税可以称法人所得税，从社会财富分配和税收角度来看，如果这些企业法人的利润没有进行合理分配，会直接导致某种循环，有些企业甚至会呈现出垄断和一家独大的现象，所以企业所得税就是为了避免这一现象的出现而设计的，让企业法人缴纳合理的税费。
个人独资企业和合伙企业，不具备独立的法人资格，同时也不以企业的名义对外承担责任，因为这些企业相对来说规模比较小，账务核算不够全面规范，且最主要的是，这些企业很难去分辨和界定企业正常经营发生的成本费用和投资人（合伙人）的私人消费支出，所以和自然人一样，仅对这些企业征收个人所得税。
1993年的税法里，个人独资企业和合伙企业也是属于私营企业或者联营企业范围内，当然是需要缴纳企业所得税的，但是个独成立和注销都比较容易，一旦注销解散会造成短期内的税负过重，所以到后来的2007年，将企业和取得收入的组织作为纳税人，同时明确排除了个人独资企业和合伙企业。所以总的来说原因都是和稳定、税负挂钩。
